استاد صفائی حائری به عنوان یک نواندیش و صاحب فکر در مورد بسیاری از مسائل اعتقادی و دینی نظریات متعددی بیان نموده‌اند. ایشان تلاش کردند تا با نگاهی نو به مسائل نظر اندازند و به این طریق برخی شبهات و اشکالات ذهنی که ناخواسته برای بسیاری از مردم رخ می دهد را برطرف نمایند. از جمله مباحثی که نیاز است تا در مورد آن بحث و بررسی بیشتری انجام بگیرد و ایشان سرفصل جدیدی را در این موضوع باز کرده‌اند. مساله آسیب شناسی حکومت دینی و اشکال یابی زوایای مختلفی است که اگر به آن‌ها دقت نشود و ارزیابی نگردد سرانجام باعث هزینه زایی و ریشه گیری انحراف در حکومت می‌شود.

کتاب «مشکلات حکومت دینی» دومین اثر از مجموعه مباحث نظام سیاسی و حکومت دینی است. یک اثر آسیب شناسانه که از افق‌های مختلف به نقد و بررسی حکومت دینی می‌پردازد. عین صاد در مقدمه این اثر بیان می‌کند که لازمه حکومت دینی برخی مشکلات است که اگر بنا بر حکومت به ظلم و استبداد بر مردم باشد هیچگاه این چالش‌ها و مشکلات ایجاد نخواهد شد. همچنین حکومت بر پایه دین زمینه ساز اعوجاج و انحراف‌هایی است که باید همواره مواظبت نماید تا از این خطرات جست زند. بنای اصلی کتاب بر این است تا حکومت دینی با فرض حضور امام معصوم را مورد بررسی قرار دهد و تلاش شده ناظرهای بحث به حکومت علوی ارجاع داده شود اما در بخش پایانی امکان تشکیل حکومت دینی در زمان غیبت و آسیب‌های مترتب بر آن نیز مورد نقد و بررسی قرار گرفته است.

در ادامه برشی از این کتاب را می‌خوانید:

یکی از اهداف حکومت علوی این است که مردم خود قیام به قسط کنند؛ «لِیَقُومَ النَّاسُ بِالْقِسْطِ». و این هدفی است که تنها باید به انتخاب تو باشد؛ چرا که کافی نیست در تو تلقین ایجاد کنند یا حتی زمینه‌های مخالف را درو کنند و کنار بگذارند.